L’église Saint-Jean, mentionnée pour la première fois en 1216, est fondée par l’ordre des Chevaliers de Saint-Jean de Jérusalem (futurs Chevaliers de Malte). Elle est reconstruite au XVIᵉ siècle, comme l’atteste le double écu de 1560 visible sur sa façade, portant le nom de Pierre de Beaulac Trébonds, Grand Prieur(…)
L’église Saint-Jean, mentionnée pour la première fois en 1216, est fondée par l’ordre des Chevaliers de Saint-Jean de Jérusalem (futurs Chevaliers de Malte). Elle est reconstruite au XVIᵉ siècle, comme l’atteste le double écu de 1560 visible sur sa façade, portant le nom de Pierre de Beaulac Trébonds, Grand Prieur de Toulouse.
Dès le XIIᵉ siècle, les Hospitaliers jouent un rôle majeur dans le développement de Castelsarrasin : ils assainissent les terres, favorisent la croissance du bourg et établissent au début du XIIIᵉ siècle une importante commanderie comprenant église, prieuré, hôpital, cimetière et jardins. La ville est alors partagée entre deux paroisses : Saint-Jean et Saint-Sauveur.
En 1530, l’ordre devient officiellement l’Ordre de Malte, visible notamment dans les éléments du clocher et du vitrail du chœur.
En 1924, l’intérieur de l’église est décoré de peintures murales par le peintre René Gaillard-Lala, représentant des scènes bibliques et des figures marquantes de l’ordre et de l’histoire locale.